Jaime Garzón le dieron muerte el 13 de Agosto de 1999 a eso de las 5:45 de la mañana. La noticia dolió más al país de lo que sus asesinos se imaginaban. Por las calles de Bogotá le acompañaron más de 200 mil personas el día de su entierro. Una compañera de trabajo suya decía: si quienes le dispararon se hubieran dado la oportunidad de conocerlo no hubieran sido capaces de matarle. Es la primera vez que Jaime nos hace llorar, dijo una mujer el día del entierro de este.
A Garzón le habían amenazado muchas veces, se dice que de muchos lados; la muerte le llegó no se sabe de cuál. Él estaba seguro de que su muerte, naturalmente, llegaría por esas formas violentas que bien conoce este país. Trató de evitarla, buscando principalmente por dos de los tantos lados: tenía una cita con Carlos Castaño al siguiente día de su asesinato y había tratado de buscar una cita con el comandante de las fuerzas militares, para entonces, el general Mora Rangel. Le habían dicho que tenía una semana para salvarse, el plazo se cumplió el jueves en la noche y le asesinaron el viernes en la madrugada.
Tal vez Garzón se convirtió en un hombre peligrosísimo porque quería y buscaba la paz; su irreverencia expresada en el humor que lo dio a conocer era un respiro para Colombia. A su manera, Jaime Garzón incidía en el debate político de esos años, y la labor humanitaria que estaba desempeñando no era vista con buenos ojos por el ejército. El 23 de Marzo de 1998 el frente 53 de las FARC, en una llamada pesca milagrosa, secuestraría 19 personas, Garzón haría las veces de intermediario para que fueran liberadas 9 de estas el 06 de Mayo del mismo año. Por esa intermediación, el comandante de las fuerzas militares declararía públicamente que consideraba importante investigar las actividades de Jaime Garzón; a esto el humorista le respondió pidiéndole que no buscara enemigos entre los colombianos que arriesgaban la vida a diario por construir una patria digna, grande y en paz. El 4 de Junio del mismo año, el zar antisecuestro respaldaría la acción humanitaria del humorista.
Su papel de humorista le permitió incidir en la vida política del país, buscar nuevas formas de periodismo, abrir espacio para la crítica, acto siempre difícil en un país como Colombia, lo cual le conseguiría no pocos enemigos. La gente sentía que decía la verdad. Así fue como se hizo recordar por programas como Zoociedad, QUAC el noticero, y su último personaje, un espontáneo y sincero pero ácido lustrabotas que se quedó en la memoria nuestra: Heriberto de la Calle.
Asesinarlo significó dar un duro golpe a la inteligencia, la libertad, la crítica. Éste crimen ha significado dolorosa impunidad a pesar de que las unidades competentes supuestamente han investigado el caso. El DAS aportó una testigo presencial del hecho, Maria Amparo Arroyave Montoya, que se encontraba en un inmueble cerca de donde ocurrieron los hechos. Resultó ser esta una testigo de excepcional visión, pues lograba describir hasta la marca de los zapatos, a pesar de encontrarse en el cuarto piso de un edificio distante unos 100mts de la calle por la que huyeron los asesinos. La testigo dio la declaración el mismo día del asesinato, y describió al asesino de frente, aunque desde donde ella se encontraba ubicada solo habría podido verles por el perfil izquierdo; también declaró haber visto el arma que el sujeto llevaba en la mano momentos después de haber disparado. Como resultado de esta declaración, Juan Pablo Ortiz, alias Bochas, fue acusado de disparar contra Garzón, un sujeto que es diestro, es decir, que en caso de haber disparado debió haber llevado el arma en su mano derecha. Su captura tuvo lugar en Medellín y pagó varios años de cárcel, mientras, hasta el momento, se han asesinado 6 personas que tenían algo importante que aportar a la investigación del asesinato de Jaime Garzón.
El 10 de marzo de 2004 se sindicó a Carlos Castaño como el autor intelectual del homicidio; fue condenado a 38 años de prisión, pero no pagó un solo día de cárcel. El 6 de Agosto de 2008, alias H.H diría que Carlos Castaño había argumentado haber ordenado el asesinato de Garzón como un favor a altos mandos militares, debido a que Jaime Garzón venía haciendo de intermediario entre el ELN y familiares secuestrados para llevar a cabo negociaciones.
Absueltos resultaron Juan Pablo Ortiz Agudelo, alias Bochas, y Edilberto Antonio Sierra Ayala, alias Toño, quienes habían sido equivocadamente- pero concientemente- sindicados, en un proceso con testigos falsos y montajes del Das.
Antonio Morales Riveira, compañero de muchos años de Garzón, dijo que el asesinato de este tenía autores ideológicos, no solo autor material, el que le disparó, ni autores intelectuales, quienes dieron la orden. A alguien le estorbaba Garzón, ese Garzón con forma de humorista para poder ser irreverente, inteligente, político, escuchado, creativo, polifacético, ese Garzón que supo interpretar, burlarse, criticar nuestras realidades, el mismo al que se le vio muchas veces en las pantallas empuñando la bandera de esa Colombia que intentó ayudar a construir, la misma bandera en la que pidió que lo envolvieran el día que lo asesinaran. Aquel día hombres y mujeres lloraron por las calles o frente al televisor, incrédulos, a ese humorista que creía en la vida.